Đến nay, Bệnh viện Nội tiết Trung ương có 14 khoa khám bệnh, điều trị và cận lâm sàng, 9 phòng chức năng:

1. Khoa Khám bệnh
2. Khoa Đái tháo đường
3. Khoa Thăm dò chức năng
4. Khoa Hồi sức cấp cứu
5. Khoa Hoá sinh
6. Khoa Dược
7. Khoa Chống nhiễm khuẩn
8. Khoa Chẩn đoán hình ảnh
9. Khoa Điều trị tự nguyện
10. Khoa Ngoại
11. Khoa Nội tiết
12. Khoa Huyết học và CĐTB
13. Khoa Chăm sóc bàn chân
14. Khoa Dinh dưỡng
15. Phòng Tài chính kế toán
16. Phòng Hành chính quản trị
17. Phòng Tổ chức cán bộ
18. Phòng Chỉ đạo chuyên khoa
19. Phòng Đào tạo & NCKH
20. Phòng Kế hoạch tổng hợp
21. Phòng Vật tư - Thiết bị y tế
22. Phòng Y tá điều dưỡng
23. Phòng Tin học
24. Phòng Truyền Thông GDSK
    

Danh bạ điện thoại của Bệnh viện Nội tiết Trung ương:

• Tổng Đài: 8533527

• Giám Đốc: 5621037

• Phó Giám Đốc: 8533253

• Văn Thư: 8533391

• Fax: 8531386